MacOSXでBioinfomatics入門その3

さて、ここからがUNIXの本領です。

解析したいシークエンスファイル（私の場合test001.Seqという感じの名前が付いています）を/bio/testというフォルダに集めます。

とすることで、/bio/testフォルダに入っている、すべての.SeqファイルがBLASTにかけられ、結果がresult.outというファイルに書き出されます。自動化を考えるのなら、このコマンドもシェルスクリプトの形で保存しておけます。以下のスクリプトをテキストファイルで作って、batchBLAST.tcshと名付けて、/bio/scriptsの中に保存しておきます。

ちなみに、このスクリプトでは、結果をresult.outという形で一つのファイルにまとめるのでなく、test???.txtの結果はtest???.blsという形で個別のファイルになっています。batchBLAST.tcshの実行は、以下のようなコマンドをたたきます。

これで、理論上は何個のシークエンスでも上記のコマンドを１行書くだけでBLAST解析ができるようになりました。

■Apple/Genentech BLAST

実は、AppleはG4のVelocity engineに最適化した、Apple/Genentech BLASTというのを作っています。http://developer.apple.com/hardware/ve/acgresearch.htmlからダウンロード可能です。ダウンロードし、解凍すると、blastallというファイルが出てきますので、NCBI-blastと差し替えます。

私のコンピュータはPowerbook G4/1GHz (15-inch）ですが、このコンピュータ上で、500bpくらいのシークエンスをntに対してblastを行うと、NCBI-blastだと２分30秒から3分弱。Apple/Genentech BLASTだと1分半ほどで終わるようになりました。約２倍弱のスピードといった具合です。