home
MENUPREVNEXT

遺伝子解析ツール集:核酸配列解析ツール

■メタサーチなど

Virtual Genome Center

Genbank IDあるいは遺伝子配列をQuery投入することで、PCRプライマー設計、ORF予測などを行ってくれる。その他相同性検索ツールやデータベースへのリンクなど。
PCR Primer selection プライマー設計支援ツール
Tm Determination Tm値予測
DNA sequence translation

JaMBW Javaで作られた核酸配列および蛋白質配列解析ツール集。
BCM Search Launcher

核酸配列および蛋白質配列解析のメタサーチ。Baylor College of Medicine, Human Genome Sequencing Center提供。。一度、シークエンスを入力すれば、必要なデータベースを指定するだけで、様々なデータベース検索が出来る。対象データベースは、ホモロジーサーチ、モチーフサーチをはじめ非常に多い。マルチプルアラインメントもある。インターフェースも使いやすい。

All-In-One Seq Analizer 核酸配列および蛋白質配列解析のメタサーチ。1ページにコンパクトにまとまっている。U of Michiganの猪原氏提供。
Biology Workbench 3.2
核酸配列および蛋白質配列解析のメタサーチ。メタサーチと呼ぶには申し訳ないほどたくさんの機能がある。独特のインターフェースなので、使いこなすにははじめは苦労するかも。San Diego Super Computer Center提供。無料だが登録必要。
SRS 分子生物学全般にわたるメタサーチ。 SRS(Sequence Retrieval System)。EMBL提供。
ReadSq 遺伝子データの配列表現方式を変換するコンバータ。GenBank、EMBLなどの配列データフォーマットを fastaやGCGフォーマットに(相互)変換するツール。

■転写因子結合部位などの核酸のモチーフ検索

TRANSFAC

真核生物のcis-elementおよび転写因子のデータベース。TRANSFACは以下の6つのデータベースの集合体である。

  • SITE:転写因子結合部位の塩基配列と位置、その部位に結合する転写因子名などの情報。
  • FACTOR:DNAに結合する蛋白質についての転写因子名、アミノ酸配列、構造機能的特徴。
  • GENE:cis-elementが属する遺伝子の情報。
  • CELL:cis-elemnetと相互作用する蛋白質が得られた細胞系、組織、器官、生物などについての説明。
  • CLASS:DNA結合ドメインをもとにクラスに分類された転写因子の特色。
  • MATRIX:転写因子結合部位の塩基配列の頻度マトリクス。
TFSEARCH 転写因子の結合部位を予測するツール。 結合部位プロファイル行列として、TRANSFACのMATRIXデータベースを利用している。
MOTIF

蛋白質と核酸のモチーフを統合的に検索するツール。蛋白質のモチーフデータベースとして、Prosite、BLOCKS、ProDom、PRINTS、Pfamなどを利用。核酸のモチーフ検索はTFSEARCHを利用。Genome Net提供。

Regulatory Sequence Analysis Tools Non-codingにおけるモチーフ検索のための各種ツール。
YEBIS 核酸配列におけるモチーフ抽出と検索のためのツール。

■制限酵素マップなど

ReBase

NEBが提供する制限酵素データベース。制限酵素サイトを調べるNEBcutterをはじめ、あらゆる制限酵素関係の情報、ツールが揃っている。NEBが提供しているのだが、それぞれの酵素を販売しているメーカー一覧も調べられ、そのなかに日本人にはなくてはならないTakaraも含まれていたりする。たいへんありがたいサイト。

WebCutter 制限酵素マップ作成ツール
DNA sequence Design Supporter

アミノ酸配列あるいはDNA塩基配列を入力すると、「アミノ酸配列はそのままで、その制限酵素切断部位を挿入出来る可能性のある位置」
を教えてくれる。カセット変異を行う時に有効。

KiloACE アガロース電気泳動パターンから分子量を計算するためのプログラム
制限酵素ナビ Web 上で制限酵素の情報を簡単に検索できるツール。各バッファーの切断効率や、1μgのDNAを切断するのに最低限必要なユニット数、どの会社の製品が安いかなどが分かる。

■PCR primer作成支援

CODEHOP Consensus-DEgenerate Hybrid Oligonucleotide Primers。ファミリーの共通アミノ酸配列のアラインメントを入力するとdegenerate primersを作ってくれる。ホモログをクローニングするときなどに有用。
Primer3
Whitehead Institute for Biomedical Researchで開発されたPCR primer設計プログラム。パラメーターが豊富で使いやすい。
Oligo Caliculator primer配列を入力するだけで、Tmや%GCなどをすぐに計算してくれる。
プライマーのTm値 primer配列を入力するだけで、"Current Protocols in Melecular Biology"に準拠した式でTmを計算してくれる。
更新記録

●2001年12月25日:新規掲載

印はおすすめサイトです。これ以外にも有用なサイトがあれば、お知らせ下さい。

home
MENUPREVNEXT