Research positions available (computational biologist, bioinformatician, pathologist, anatomic pathologist, diagnostic pathologist, other experts can be considered)

I am seeking candidates for research positions (pathologist, computational biologist, and/or bioinformatician) in my laboratory at Dana-Farber Cancer Institute (DFCI), Brigham and Women's Hospital (BWH), the Broad Institute of MIT and Harvard, Harvard T.H. Chan School of Public Health, and Harvard Medical School, all in the Boston area, MA, USA. Salary can be offered if a candidate has specific skills and expertise (such as anatomic pathology, computational biology, and bioinformatics). Candidates in other areas can be considered; other areas include epidemiology, biostatistics, molecular biology, immunology, microbiology, and clinical medicine. Candidates with funding support will be highly considered, but candidates without funding will also be considered.

My laboratory is The Molecular Pathological Epidemiology (MPE) Laboratory, which is a very unique, interdisciplinary multi-institutional laboratory. I have been selected to receive 7-year funding of the Outstanding Investigator Award (OIA) from NIH/NCI (2015-2022; http://grantome.com/grant/NIH/R35-CA197735-01). I established an integrative science of MPE (Ogino et al. J Natl Cancer Inst 2010; Ogino et al. Lancet 2018; Ogino et al. Annu Rev Pathol 2018; etc), and have been making the history of MPE. I have been organizing the International MPE Meeting Series (www.mpemeeting.org). My MPE lab has been working on not only gastrointestinal cancers but also statistical methods that can be used in many different areas. We have been developing new scientific frontiers such as “immunology-MPE” and “microbiology-MPE”. For more information, please visit these links.

Please email me (shuji_ogino@dfci.harvard.edu) your CV or any inquiry. Please pass this information to anyone who may be interested. Please note that I may not be able to reply to all inquiries.


ボストンにある私のThe Molecular Pathological Epidemiology (MPE) Laboratory分子病理疫学研究室で研究室員(computational biologist, bioinformatician, anatomic pathologist あるいは他の分野)を募集しています。私のMPE研究室は中心はDana-Farber Cancer Instituteに位置しながらハーバード大学関連のいくつかの施設(Dana-Farber Cancer Institute, Brigham and Women's Hospital, the Broad Institute of MIT and Harvard, Harvard T.H. Chan School of Public Health, and Harvard Medical School)にまたがって存在し、機能しています(従来のラボの概念を超越しています)。私は日本人で現在唯一のNCI R35 Outstanding Investigator Award (OIA) Grant 保持者のようです(http://grantome.com/grant/NIH/R35-CA197735-01)。ポジションとしては常任研究員、ポスドクのいずれかが可能です。経験、能力(特にPathology, Computational biology/bioinformaticsの能力)に応じて、自前のグラントなしでも給与のサポートすることも可能です。自前のグラントなしでも給与のサポートすることも可能です。自前のグラント(フェローシップ等)サポートがありますと、ポジションをオファーする可能性が高まります。Epidemiology、Biostatistics、Molecular Biology、Immunology, Microbiology, 臨床医学のbackgroundを持つ方も考慮しており、得意な分野・経験を生かしていただきます。プロジェクトは消化器腫瘍を使ってMolecular Pathological Epidemiology (MPE、分子病理疫学)、Immunology-MPE(免疫分子病理疫学)、Microbiology-MPE(微生物分子病理疫学)、病気を限定しないMPE解析手法の開発、あるいはMPEと他の分野とのあらたな統合分野の設立と多岐にわたります。ラボメンバーのCareer Developmentのサポートも充実しています(このリンクをご覧ください http://uja-info.org/findingourway/post/1484/)。 これまで50人のポスドクが栄転していきました。私の指導のもとで、人にもよりますが、2年間の研究留学で、筆頭著者でおよそ2-5本の高質の論文を出した人が多数いますし、Co-First Authorship 制をとってポスドクの成果をより大きくしています。

MPEは私が創造した学問分野で、その名が示すとおり、分子病理学と疫学の統合という新しい学問分野です(Ogino et al. JNCI 2010; Ogino et al. Lancet 2018; Ogino et al. Annu Rev Pathol 2018; etc)。私は2013年に国際分子病理疫学学会を設立し、第5回国際分子病理疫学学会を2020年6月に計画中です(www.mpemeeting.org)。このように分子病理疫学の歴史を作っています。

近年の主要プロジェクトとしては、大腸癌をモデルとして、癌と免疫システムの相互作用への、環境因子や微生物因子の影響を、大規模集団とデータベースを駆使して調べています。この分野を免疫分子病理疫学(Immunology-MPE)として設立し、その分野の先頭を走っています。この分野は免疫療法 (Immunotherapy)、免疫予防 (Immunoprevention) に寄与するものと期待されています。Computational biologyとBioinformaticsの手法を使って、免疫分子病理疫学をさらに発展させるのも重要プロジェクトです。

我々のMPE Researchの強みは最近のさまざまな論文で示されています(上に主要な論文を列挙しました)。分子病理疫学と私の研究室についてはこれらのサイトをご覧ください。

Shuji Ogino, MD, PhD, MS
Chief, Program in MPE Molecular Pathological Epidemiology at Brigham and Women’s Hospital
Professor of Pathology at Harvard Medical School, Brigham and Women’s Hospital, and Dana-Farber Cancer Institute
Professor (Epidemiology) at Harvard T.H. Chan School of Public Health
Associate Member at Broad Institute of MIT and Harvard



EMBL Rome Postdoctral Position

Job Description:
The Rompani group is looking for a Postdoctoral Fellow who will participate in neuroscience research as part of an interdisciplinary team of scientists working within a highly collaborative international environment. The Rompani group uses a combination of in vivo imaging, mouse genetics, and virology to study how vision is influenced by other sensory systems and internal states (for more information, see https://www.embl.it/research/unit/rompani/index.html). We are looking for clever, motivated people who are driven to study neuronal circuits and are eager to take a strong lead in their projects and the development of their own ideas.

Qualifications and Experience:
A Bachelor’s degree or equivalent in a scientific discipline is required, as is a PhD or soon to be obtained PhD. First author publications from the PhD are not required at the time of application but will be strongly preferred by the start date of the position. Please note in your CV any manuscripts in preparation or under review. Also, please indicate in the cover letter which skills you have and the sort of projects you would like to be involved in.

Experience with any one of these areas is compatible with the work done in our lab: in vivo calcium imaging, two-photon microscopy, optogenetics, electrophysiology, mouse molecular genetics, viral tracing of neural circuits, behavioral assays and computational modelling.

An initial contract of 3 years will be offered to the successful candidate. This can be extended.

Rome, Italy

Starting Date:
As early as January 1st, 2019. Exact starting date very flexible.

About the EMBL:
EMBL is an inclusive, equal opportunity employer. The remuneration package includes a competitive salary, a comprehensive pension scheme, medical, educational and other social benefits, as well as financial support for relocation and installation, including your family. Enquiries and applications may be sent to santiago.rompani@embl.it

Posted by Santiago Rompani(santiago.rompani@embl.it)


UPMC Cancer Center Pittsburgh, USA ポスドク募集

Harvard Medical Schoolでインストラクターをしている高橋重成と申します。この度ラボメンバーであるIoannis Zervantonakisが独立するにあたり、ポスドク・Ph.D学生、テクニシャンを募集することになりました。彼はPh.D学生時代、MITにてMechanical Engineeringを専攻した後、ポスドク時代はHarvard Medical SchoolにてCancer BiologyやSystems Biologyを専攻したという少し異色のバックグランドを持ちます。工学系出身ということもあり、ウェットな実験を通した個別のアッセイだけではなく、複雑極まる生命現象(特にがん分野)をシステマティックにとらえ、定量化したいというのが彼のスタイルだと思います。

MIT, Harvard Medical Schoolの両方において、日本人研究者と深く仕事をしていた経験があるため、日本人の話す英語には極めて慣れています。またその際の経験から、日本人の勤勉さを高く評価しており、特に日本人研究者を採用したいようです。

まだ30歳半ばの若手PIですが、ビッグラボでは得られないようなPIとの密な連携の下、研究を進められると思います。少しでも興味をお持ちの方はお気軽にIoannis Zervantonakis (ioz1@pitt.edu)まで問い合わせて頂けたらと思います。その際に必要なものは簡単なCover letterとCVのみであり、現時点ではRecommendation letterは必要ないとのことです。以下、公式の募集要項です。

[Lab Description]
Understanding cell behavior in native tumor microenvironments and developing new strategies to deliver therapeutics directly to tumor cells are critical in improving and extending patients’ lives. Our lab employs a quantitative approach that integrates microfluidics, systems biology modeling, and in vivo experiments to investigate the role of the tumor microenvironment on breast and ovarian cancer growth, metastasis and drug resistance. Our goal is to develop bioengineered tumor microenvironment platforms and apply them to improve understanding of tumor-stromal signaling mechanisms in order to: (1) discover biomarkers that guide new drug development and improve prognosis, (2) develop new strategies to improve existing treatment protocols and (3) engineer microfabricated tools that enable screening and personalization of cancer therapies. The Tumor Microenvironment Engineering laboratory offers the opportunity to work at the forefront of cancer bioengineering, learn cu!
tting edge techniques and collaborate with an interdisciplinary group of scientists and clinicians in the Cancer Center.

Graduate students: There are 2 openings for graduate students starting in the Fall of 2019 (Application deadline: December 1st 2018). Please apply to the Bioengineering Department and specify interest in working with Professor Zervantonakis.

Postdoctoral fellows: Applicants should hold a PhD in bioengineering, biomedical sciences or related fields. Openings are available for computational and/or experimental projects starting August 2019.

Technicians: Applicants should hold a BS in biomedical sciences and have experience in cellular biology, and/or in vivo mouse models. Openings are available starting August 2019.

[Instructions to apply]
Please visit the website (www.zervalab.com) to find out more about each position, as well as research projects, publications, mentoring and collaborations. Interested applicants please submit a cover letter and CV to: Ioannis Zervantonakis, Ph.D. Assistant Professor, Department of Bioengineering. Email: ioz1@pitt.edu

Tumor Microenvironment Engineering Laboratory, University of Pittsburgh, Department of Bioengineering and UPMC Cancer Center
Pittsburgh, USA

I.K. Zervantonakis, C. Iavarone, H.S Chen, L.M. Selfors, S. Palakurthi, J.F. Liu, R. Drapkin, U. Matulonis, J.D. Leverson, D. Sampath, G.B. Mills and J.S. Brugge. “Systems analysis of apoptotic priming in ovarian cancer identifies vulnerabilities and predictors of drug response”, Nature Communications 8(1): 365 (2017)

I.K. Zervantonakis & C.D. Arvanitis. Controlled Drug Release and Chemotherapy Response in a novel 3D Acoustofluidic Platform. Small 12 (19), 2616-2626. (2016)

I.K. Zervantonakis, S. K. Alford-Hughes, J. L. Charest, F. B. Gertler, J. C. Condeelis and R. D. Kamm. "Three-dimensional microfluidic tumor-vascular interface model: Tumor cell intravasation and endothelial barrier function." PNAS, 109 (34), 13515-13520. (2012)

投稿者:高橋 重成(takahashinobuaki44@gmail.com)


Cincinnati Children's Hospital Medical Center Postdoctral position

Cincinnati Children’s is a premier pediatric research institution where researchers work collaboratively across specialties to address some of the biggest challenges in improving child health.
The Perl lab focuses on lung mesenchymal cells and their role in alveolar development and homeostasis and fibrotic lung disease, using transgenic mouse models and human lung tissue, in combination with cutting edge RNA Seq technology, 2/3 dimensional immunofluorescence imaging using confocal microscopy, and organoid models (https://www.cincinnatichildrens.org/research/divisions/p/pulmonary-bio/labs/perl). We are looking for a postdoctoral fellow/ research associate to investigate molecular and cellular changes in fibroblast subpopulations in lung development, injury, fibrosis and regeneration. The postdoc will work in an interdisciplinary team to study lung injury and regeneration, use various RNAseq datasets and follow up predicted new interactions in vitro and in vivo, and learn about lung disease and model disease in organoid cultures. The ideal candidate will be a highly motivated recent (< 4 years ago) PhD or MD/PhD researcher, experienced in basic molecular biology te!
chniques, tissue culture, animal models, transcriptomic data analysis or desire to learn big data analysis, and proficient in English. Knowledge of lung biology is not required.

Please submit a cover letter, CV and contact details for 3 referees to Anne-Karina Perl, PhD at Anne.Perl@cchmc.org.
Please go to https://jobs.cincinnatichildrens.org/search/searchjobs and search for job (requisition) number 102875 (Research Fellow) or 102874 (Research Associate).
Cincinnati Children’s is an Affirmative Action/Equal Opportunity Institution

Posted by Uma Sivaprasad(research@cchmc.org)


University of Wisconsin-Madisonポスドク募集

The Ikeda laboratory (https://genetics.wisc.edu/staff/ikeda-akihiro/) at University of Wisconsin-Madison aims to understand how the aging process is regulated at the molecular level and how it is associated with disease mechanisms using mouse models. We are seeking a highly motivated postdoctoral researcher who will be involved in an NIH-funded project that investigates the role of mitochondrial dynamics in the aging process and age-related diseases at the molecular level. Responsibilities for the position include carrying out the molecular biological experiments, phenotyping of mice, performing proteomic analysis and interpretation of data, as well as preparation of manuscripts. Background and experience in molecular biology and proteomics (Co-IP/mass-spectrometry) preferred. Ability to work as a team member is essential. The successful candidate will be also encouraged to explore new research areas and seek independent funding for future career development.

To apply for this position, please submit a cover letter describing prior research experience, research interests and future career goals, CV, and the contact of three references to aikeda@wisc.edu.

Location: Department of Medical Genetics, University of Wisconsin-Madison, Madison, WI, USA

Requirements: Ph.D. in biochemistry, molecular biology, or related field required.

Begin Date: as soon as possible
Duration: 2 years (minimum, renewable)
Percent Time: 100%
Salary: NIH standard

Akihiro Ikeda, Ph.D, D.V.M.
Department of Medical Genetics
McPherson Eye Research Institute
Timothy William Trout Professor in Eye Research
University of Wisconsin-Madison
425-G Henry Mall Rm 5322
Madison, WI 53706-1580

投稿者:Akihiro Ikeda (池田明弘)(aikeda@wisc.edu)



イリノイ大学 医学部 薬理学科 山田研究室で博士研究員を募集しています。
アメリカ国立衛生研究所 (NIH) に採択されたプロジェクトで、2024年3月まで、血管新生の制御による創薬についての研究を行います。ガンや失明を伴う加齢黄斑変性 (wet AMD) では過剰発現した血管内皮細胞増殖因子 (VEGF) により、過剰な血管新生が起こります。そのような血管は漏れやすく、組織に炎症や損傷を引き起こします。山田研究室では、VEGF受容体であるVEGFR2の細胞内での局在を制御することにより、VEGFの受容、下流のシグナリングの制御を調整できると考え、VEGFR2の輸送を担う分子としてキネシン分子KIF13Bの機能に着目し、研究を行っています。


博士研究員 1名
研究補助員 1名




1) 履歴書
2) 業績書(論文リスト)
3) 3名の推薦者の連絡先。応募の段階で推薦書の必要はありません。







Thomas Jefferson University, Sidney Kimmel Medical CollegeのYa-Ming Hou教授が、ポスドクまたはリサーチアシスタントを募集しています。Hou教授は、tRNAのエピジェネティックな修飾がコドン特異的翻訳にどのように関わるかについて研究されています。コドン特異的翻訳は新たな階層での遺伝子発現制御機構として最近注目されており、tRNAのアンチコドンの修飾によって制御され、またストレスにより変化することが知られています。現在のHou先生の研究テーマは、RNAの生合成とマチュレーション、エピジェネティックなメチル化、ミトコンドリアにおける翻訳と疾患への関連ということです。
  Hou先生は活発で頼れる優しい方です。博士課程修了見込みの方、また最近博士号を取られた方、ぜひご検討ください。RNA-Seq、データ解析、蛍光イメージング、哺乳類細胞培養、分子生物学、タンパク質や酵素、核酸、ミトコンドリアの研究の経験のある方にお勧めです。より詳しく聞きたい方は、直接Hou教授にご連絡されるか(ya-ming.hou[at]jefferson.edu)、私(首都大学東京理学部生命科学科准教授 安藤香奈絵 ( k_ando[at]tmu.ac.jp)まで。 ※[at]を@としてください)。

Ya-Ming Hou, Ph.D.
Professor, Department of Biochemistry and Molecular Biology
Thomas Jefferson University
Sidney Kimmel Medical College
233 South 10th Street, BLSB 220
Philadelphia, PA 19107
Email: ya-ming.hou[at]jefferson.edu

Publications in 2018:
Masuda, I, Matsubara, R, Christian, T, Rojas, E, Yadavalli, SS, Zhang, LS, Goulian, M, Foster, L, Huang, KC, Hou, YM. (2018) tRNA methylation is a global determinant of bacterial multi-drug resistance. Cell, in revision.

Gamper, H, Hou, YM. (2018) tRNA 3'-amino-tailing for stable amino acid attachment. RNA, PMID: 30217865.

Masuda, I, Takase, R, Matsubara, R, Paulines, MJ, Gamper, H, Limbach, PA, Hou, YM. (2018) Selective terminal methylation of a tRNA wobble base. Nucleic Acids Res, 46 (7):e37. PMID: 29361055; PMCID:PMC5909439

投稿者:Kanae Ando(k_ando@tmu.ac.jp)


Cedars-Sinai Medical Center研究員募集

カルフォルニア州ロサンゼルス、Cedars-Sinai Medical Center, Yamashita and Bernstein Labsでは意欲のある研究員を2名(有給)募集しています。

研究テーマ: 好中球ACEのRAS非依存的な腎炎への影響について
糸球体腎炎の発病メカニズム、好中球特に、好中球ACEの半月体形成性糸球体腎炎における役割について、細胞や動物モデル、そしてヒトの腎生検組織を用いて調べおりましたが、今回Dr. Kenneth BernsteinのRO1獲得に伴い合同で更に2人雇えることになりました。
非常にsupportiveなCollaborator達に囲まれて、ラボを運営しております。面白い数々のTransgenic/Knock-out miceや機材、試薬も揃っており、非常に恵まれた環境です。私達のグループには現在25人が働いており、私も含めて6人の日本人研究者が在籍しています。みなさんとても協力的で環境の変化にも適応しやすいかと思います。
Cedars-Sinai Medical Centerはビバリーヒルズにある、およそ900床の病院でそれに併設している研究所では活発にtranslational researchが行われております。ロサンゼルスは気候もよく、日本の食材も簡単に手に入り、また日本人も多いため、他の州に比べて非常に快適な生活が送れると思います。私が所属するRenal Pathologyは腎生検標本年間3600例を有し、私も含め5人のrenal pathologistsが所属しています。腎病理の症例数では、全米第3位、アメリカ西海岸では第1位となっています。2017年11月よりMGHのNephrologyのトップであったDr. Ravi ThadhaniとBeth Israel HospitalのDr. Ananth Karumanchi(両者ともHarvardのProfessor)がCedars-Sinaiに移ってきており、共同研究を行っています。腎臓研究はますます活発になってきています。

給与:Cedars-Sinai Medical Centerの内規に沿ったものとなります。
Michifumi Yamashita, MD, PhD, FASN
Assistant Professor
Department of Pathology & Laboratory Medicine
Cedars-Sinai Medical Center
8700 Beverly Blvd. PACT 500
Los Angeles, CA 90048
Email: Michifumi.Yamashita@csmc.edu




Interested in Cancer Stem Cell, Circulating Tumor Cell, or Cancer Therapeutic Development?

アラバマ大学バーミンガム校 (UAB)の中野研では新たにポスドクを若干名募集しております。

intratumoral and intertumoral heterogeneity in brain cancer,
development of novel mechanistic concept for glioblastoma cellular hierarchy and plasticity,
therapeutic development for primary and metastatic brain cancers

脳腫瘍外科医のPI(Ichiro Nakano)と共同研究者が、手術で摘出する脳腫瘍手術サンプルから樹立した、癌幹細胞の培養系と動物モデルを主に用いて、メカニズム解析からの新たなコンセプトの樹立と治療法の同定と患者への適応を主なテーマとしています。

現在4つのNIH/R01 grantがあります。最も新しいものは来年から始まり5年間あります。

当ラボからの仕事としては、Mao P et al., PNAS 2013; Kim et al., Cancer Research 2014; Cheng et al, Stem Cell Reports 2015; Kim et al, Cell Death & Diff 2015; Kim et al Stem Cell Reports 2015; Kim et al Cancer Cell 2016; Cheng et al, Cancer Res 2016; Wang et al, JCI 2017; Sadahiro et al., Cancer Res 2018; Pavlyukov et al, Cancer Cell 2018; Minata et al., Cell Reports [in press]などがあります。

また当ラボの特徴として、共同研究として米国内、ヨーロッパ、日本、シンガポール、韓国、中国など計60を超えるプロジェクトが継続しています(臨床サンプルからのtranslational research)。チームに加わった方々は、興味のあるプロジェクトに随時参加できます。共同研究から生まれて来ている論文も近年多数ありますので、詳細はPubmedでご確認ください。

興味がある方は現在のラボメンバーの中で日本から参加しているテクニシャンのMs. Shinobu Yamaguchi (syamaguchi@uabmc.edu)に気軽にメールで訊いてみてください。

PhD or MD
First author paper in well-respected journals
自らの予算を持ってこられる方にはco-corresponding authorになるチャンスがあります。


Principal Investigator:
Ichiro Nakano, MD, PhD
Departments of Neurosurgery,
Co-Leader, Neuro-oncology Program,
Comprehensive Cancer Center
University of Alabama at Birmingham


Posted by Ichiro Nakano(inakano@uabmc.edu)

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