私がStatViewなき後のMacの統計ソフトとしておすすめする2つめのソフトがJMPです。

統計ソフトの定番となりうるための条件、

• インターフェースがわかりやすいこと
• 十分な解析手法をカバーしていること
• わかりやすい解説書が出ていること
• ソフトが日本語化されていること

の内、JMPはすべてを満たしています。特に定評があるのが、その操作性であり、「バイオ研究がぐんぐん進むコンピュータ活用ガイド」【bk1】【amazon.co.jp】の統計ソフトの紹介で、田久先生が「SASやSPSSからJMPに乗り換える人はいるけれど、一度JMPを使ってほかのソフトに乗り換える人はいない」と言っているほどです。

しかし、2006年の3月からひとつ大きな問題が生じていました。最新版のJMP6がIntel Macでは動作しなくなっていたのです。私も、JMPに移行すると決心してすぐに、このことがわかったため、またしても統計ソフト難民となってしまっていました。

しかし、ようやく、問題が解決したようです。JMPのサイトにアナウンスが出ました。

つまり、Mac OSXが10.4.8にアップグレードされることによって、JMPは無事動作するということです。私は今後、統計ソフトとしてJMPを使っていこうと思っています。

JMP関連の書籍は「研究者の書棚」＞「統計関連書籍」をご覧下さい

関連情報は「研究に有用なソフトウェア - 統計ソフト」をご覧下さい。

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私がStatViewなき後のMacの統計ソフトとしておすすめする1つめのソフトがGraphPad Prismです。

以前、アップルコンピューターの方とStatViewの次にキラーソフトとなりえる統計ソフトを育てるにはどうしたらよいかという話をしたことがあります。統計ソフトの定番となりうるための条件として、

• インターフェースがわかりやすいこと
• 十分な解析手法をカバーしていること
• わかりやすい解説書が出ていること
• ソフトが日本語化されていること

があげられます。StatViewが定番ソフトとなり得たのは、上記の条件をすべて満たしており、特に、わかりやすいStatView解説書がたくさん出版されたことによるのだろうというのが私たちの結論でした。

アップルの方が、StatViewの次に定番の統計ソフトに育てていきたいと考えていたのがGraphPad Prismです。GraphPad Prismは以前私がレビューをしたように、 インターフェースはMacソフトとして洗練してされておりソフトとしてはとても使いやすいソフトです。Apple Medicalにおいても「アップル - Medical - Prism:医学統計解析をインタラクティブに処理 」でレビューされていますのでご覧ください。しかし、GraphPad Prismには、解説書がなく、また、ソフトが日本語化されていないのが、このソフトを取っつきにくくしていると考えられます。わかりやすい解説書があれば、日本語化されていないというのはそれほど大きな障壁にはならないので、解説書の出版がながらく待たれていました。

そして、その解説書がついに発刊されたのです。「GraphPad Prismによる生物統計学入門」です。 本書では、まず、統計に関する最低限の統計の基礎知識を解説した後、GraphPad PrismPrismの使用方法、主な解析手法の行い方を解説しています。

GraphPad Prism に興味のある方は、 日本の代理店（（有）エムデーエフ）から30日間使用できるデモ版を ダウンロードし、この本を片手に使用してみてはいかがでしょうか。

「ＧｒａｐｈＰａｄ　Ｐｒｉｓｍによる生物統計学入門」

著者：平松 正行著、税込価格：￥6,090、出版：カットシステム、ISBN：4877835008、発行年月：2006.11【bk1】【amazon.co.jp】【目次】

Macで評判の高い統計ソフトGraphPad Prismの初の日本語解説書。 基本的な統計の知識を解説した後、GraphPad Prismの使い方を、よく使う解析方法用いて解説。

なお、以下の書籍はGraphPad Prismの解説書ではありませんが、Prismを開発したMotulsky博士の書で、統計の書籍として人気のある本です。

「数学いらずの医科統計学　～コンピュータ・エイジのための統計学指南」

著者：Harvey Motulsky、津崎 晃一監訳、税込価格： ￥4,935 （本体： ￥4,700）、出版：メディカル・サイエンス・インターナショナル、ISBN：4-89592-175-1、発行年月：1997.12 【bk1】 【amazon.co.jp】

Prismの解説書ではありませんが、Prismを開発したMotulsky博士の書で、統計の書籍として人気のある本です。

関連の書籍は「研究者の書棚」＞「統計関連書籍」をご覧下さい。

関連情報は「研究に有用なソフトウェア - 統計ソフト」をご覧下さい。

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長年、Macのキラーソフトでもあった統計ソフトStatView。残念ながら、2002年に販売を終了してしまいました。StatViewはMac OS Xでは動かず、Mac OS 9またはMac OS XのClassic環境でしか動かせないのですが、今でも多くの方が使っています。しかし、この1年でMacがIntel Macへの移行を完了し、Intel MacがClassic環境をサポートしないので、いよいよStatviewを使うことができなくなります。

では、StatViewに統計を頼り切っていた人たちはどうすればいいのか？私自身、これだというソフトをおすすめすることができませんでしたが、ここにきて、このソフトがいいのではないかとというソフトが出てきました。というか、すでにソフトは存在していたのですが、いくつかの状況が整わずにおすすめできなかったのですが、ここ数ヶ月でその条件がクリアされました。

さて、私がStatViewなき後のMacの統計ソフトとしておすすめするのは何かというと、Graphpad PrismとJMPです。

つづく。

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PLoS Computational Biologyに「Ten Simple Rules for Selecting a Postdoctoral Position 」が出ていました。大学院卒業し、ポスドク先を探している若い研究者へのアドバイスです。もちろん、研究留学でポスドク先を探している人にも参考になるアドバイスです。本文は無料で読めますので、読んでいただくとして、私なりに（かなり意訳した）ものを掲載いたします。

Rule 1: Select a Position that Excites You - エキサイトする職を選ぼう。いい仕事するためのモチベーションになるのはサラリーではなく、サイエンスである。

Rule 2: Select a Laboratory That Suits Your Work and Lifestyle - あなたの仕事のスタイル、ライフスタイルに合った研究室を選ぼう。ポスドク先を決める前に研究室を訪問し、大学院生、ポスドクたちに話を聞こう。仕事以外のプライベートな時間をどのように過ごせるか、研究室のロケーションも大事な要素である。

Rule 3: Select a Laboratory and a Project That Develop New Skills - 新しいスキルを身につけられるような研究室、研究プロジェクトを選ぼう。大学院と同じ研究室でポスドクを行うことには慎重になった方がよい。キャリアとしてはネガティブに評価されることが多い。

Rule 4: Have a Backup Plan - バックアッププランを持とう。チャレンジングなテーマに挑戦すべきであるが、確実にデータの出るプロジェクトも並行して行うべきである。

Rule 5: Choose a Project with Tangible Outcomes That Match Your Career Goals - あなたのキャリアゴールに合うような具体的な成果が得られるプロジェクトを選ぼう。アカデミアに残っていくのであれば、具体的な成果とはPublicationである。少なくとも1年に1報の論文を書くよう努力すべきである。

Rule 6: Negotiate First Authorship before You Start - 研究を始める前にFirst Authorになれるのか交渉しよう。

Rule 7: The Time in a Postdoctoral Fellowship Should Be Finite - ポスドク期間は3年で十分であり、できれば3年の契約を得るのが望ましい。1年の契約しかしてくれないという場合には慎重にならなければいけない。ポスドクの給料の出所となるグラントについても調べておこう。

Rule 8: Evaluate the Growth Path - ポスドク後の研究テーマについても考えよう。ポスドク後にAssisstant Professorとして独立する場合、ポスドクの間にうまくいった研究テーマを継続することが多い。しかし、 テーマを持ち出すにはボスの許可が必要になる。なぜなら、ボスが競争相手になるからである。

Rule 9: Strive to Get Your Own Money - 自分で研究資金を取るように努力しよう。自分で研究資金を得れば、独立性が高くなるし、経歴にもプラスである。

Rule 10: Learn to Recognize Oppotunities - 新しい研究領域を開拓している、または、開拓する可能性のある研究室、ボスを選ぼう。新しい研究領域に参加できれば、非常に有利である。

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今回で３回目のサンディエゴ。

１回目の訪問は、かれこれ10年前に、今回と同じ学会で訪問したのでした。大学院時代の私の師匠がUCSDに留学していたので、UCSD、ソーク研究所を訪れ、すっかりSan Diegoの魅力、というか、UCSD、ソーク研究所のあるラホヤの魅力にすっかりとりつかれてしまいました。

そんなわけで、私の留学アプライ第１弾はUCSDのラボ。あえなく撃沈しましたが、、、。

私にとってのSan Diegoは永遠のあこがれなのです。留学経験者に聞きましたの「留学したい都市は？」でもラホヤはダントツの１位です。

写真はクリックすると拡大します。

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エレベータ停止階キャンセル方法 — Quality of Life...!に掲載されていたのですが、これは使えます。特に、せっかちな私にはとてもうれしい。

押した階数ボタンをキャンセルには、以下の操作をおこないます。

基本的にはダブルクリックでいけるようですね。明日からちょっと試してみよう。

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近いうちにちゃんとレビューしますが、とりあえずご紹介まで

「ＧｒａｐｈＰａｄ　Ｐｒｉｓｍによる生物統計学入門」

著者：平松 正行著、税込価格：￥6,090、出版：カットシステム、ISBN：4877835008、発行年月：2006.11【bk1】【amazon.co.jp】【目次】

待望のGraphPad Prism 解説書登場。

「ＦｉｌｅＭａｋｅｒ　Ｐｒｏすいすい」

著者：河上 聡著、税込価格：￥4,620、出版：秀潤社、ISBN：487962344X、発行年月：2006.11【bk1】【amazon.co.jp】【目次】

 

「免疫染色 & in situハイブリダイゼーション最新プロトコール」

著者：野地 澄晴編、税込価格：￥5,355、出版：羊土社、ISBN：4897064198、発行年月：2006.10【bk1】【amazon.co.jp】【目次】

 

「Ｒの基礎とプログラミング技法」

著者：Ｕ．リゲス著 / 石田 基広訳、税込価格：￥3,675、出版：シュプリンガー・ジャパン、ISBN：4431712186、発行年月：2006.10【bk1】【amazon.co.jp】【目次】

 

「Ｒによる統計入門」

著者：赤間 世紀著 / 山口 喜博著、税込価格：￥2,310、出版：技報堂出版、ISBN：4765533352、発行年月：2006.8【bk1】【amazon.co.jp】【目次】

 

「初めてのＰｅｒｌ 続」

著者：Ｒａｎｄａｌ　Ｌ．Ｓｃｈｗａｒｔｚ著 / ｂｒｉａｎ　ｄ　ｆｏｙ著 / Ｔｏｍ　Ｐｈｏｅｎｉｘ著 / 伊藤 直也監訳 / 田中 慎司監訳 / 吉川 英興監訳 / 長尾 高弘訳、税込価格：￥3,360、出版：オライリー・ジャパン、ISBN：4873113059、発行年月：2006.10【bk1】【amazon.co.jp】【目次】

「初めてのPerl」の続編

「Ｐｅｒｌ言語プログラミングレッスン 入門編」

著者：結城 浩著、税込価格：￥2,835、出版：ソフトバンククリエイティブ、ISBN：4797336803、発行年月：2006.10【bk1】【amazon.co.jp】【目次】

 

「それでも私はｐａｌｍを使う 続」

著者：野村 弘明著、税込価格：￥2,079、出版：ピーワーク、ISBN：4939128105、発行年月：2006.9【bk1】【amazon.co.jp】【目次】

「それでも私はpalmを使う」の続編

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今回、お手伝いした「臨床研修医のための腎臓セミナー」について説明しておきます。

このセミナーは簡単に言ってしまえば、初期研修医をなんとか腎臓内科の道に引きずり込もうという企画です。２日間の泊まりがけでおこなわれ、腎臓内科の教え上手な講師の先生方が、電解質、酸塩基、腎生検の見方、症例検討などの講義をおこなうとともに、ワークショップ形式で、タスクフォースを交えて、研修医同士がディスカッションをおこなうという濃密な24時間です。これまで、４回のセミナーが開かれ、いずれも大盛況でした。次回は2007年の8月に東京での開催が決まっています。

最大の特徴が、講師の先生方の講義がすばらしく、間違いなく「腎臓内科の世界一受けたい授業」になっているということです。そんな噂を聞きつけて、初期研修以外の後期研修医や、腎臓内科志望ではないが、腎臓内科の勉強がしたいというたくさんの研修医が集まるようになっています。日本腎臓学会のこうした活動は、腎臓内科のおもしろさを知り、腎臓内科を志す研修医を増やす、非常に評価すべき活動だと思います。

私自身は、タスクフォースとして、２回目の参加ですが、私自身勉強になりますし、元気のいい研修医たちと話ができるとても楽しい会です。

また、他大学の先生がたと交流を深めることができるという意味でも貴重な会と言えます。今回、セミナー修了後、飛行機の時間まで少し間があり、他の大学のA教授とB講師に誘われて、国際通りで食事をご一緒させて頂きました。

はじめは公設市場の２階の食堂にしようと思ったのですが、沖縄初めてという先生をお連れするにはあまりにディープすぎるので、顔見知りになった三線店とぅるるんてんの方にお聞きして、代表的な沖縄料理を食べさせてくれそうなお店を紹介してもらいました。国際通りの宝石店の角を曲がったところにある炭火屋という名前の居酒屋でした。

5時半開店と言うことで、5時28分くらいに、いいですかと言って入ろうとしたら、オバアはかなり不機嫌モード。準備に忙しいのか、なかなかオーダーも取ってくれない。沖縄時間ということで、ここでイライラしてもしょうがありません。「代表的な沖縄料理を」とメニューの選択は私に任され、島らっきょ、あぐー豚の炭火焼き、グルクンの唐揚げ、ジーマミ豆腐、パパイヤのサラダ、ゴーヤチャンプルーを頼みました。お酒は、オリオンビールに泡盛。パパイヤのサラダのうまさに驚かれているようでした。味は確かで激安で、いいお店だと思いますが、お二人に喜んで頂けたかはわかりません。

さて、帰りは、飛行機の時間を15分遅く間違えていて、空港で猛ダッシュする羽目に。しかも、羽田でもリムジンのバス停まで猛ダッシュ。かなり疲れました。

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セミナーが始まるまでの時間、GR DIGITALの初撮り。

正直に言ってしまうと、撮っていてあまり楽しくなかったです。その理由は何だろうと考えてみると、やはりファインダーがなくて、液晶を見ながら写真を撮らなければならないということに尽きます。また、AFの合焦が遅いので、シャッターを切っているつもりでもなかなかシャッターが切れません。しかも、シャッター音が悪すぎ。

悪いことばかり書きましたが、驚いたのは、撮った写真をPCの大きな画面で開けたときでした。露出がどの写真もドンピシャ。写りもとてもシャープ。やはり、噂に違わぬ実力でした。

当然のことながら被写界深度が非常に深いのでよっぽど寄らないとうしろはボケませんし、広角単焦点の使いこなしをもっと勉強しなければいけません。近々、GR DIGITALのMook本の第二弾も出るようなので手に入れる予定。

時間がなかったので、GR DIGITALの初撮りは、近くの首里城と金城町の石畳が中心。写真をクリックすると拡大します。

こっちはD200で撮影した写真。曇りだったのが残念。夏の時に取り損ねた「ぜんざい」のリベンジができました。写真をクリックすると拡大します。

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今年３回目の沖縄。

今回は日本腎臓学会主催の「研修医のための腎臓セミナー」のお手伝いするのが目的。

以前から那覇で一度行きたいと思っていた店がありました。それは、さとなお.comで数少ない満点が付けられている「琉球料理乃山本彩香」です。飛行機の到着時刻が、だいぶ遅くなって迷惑をおかけしましたがこころよく迎えて下さいました。おりしも、とある噺家の師匠がご夫婦でいらしており、席４つのカウンターは山本さんを入れて、４人で楽しい話が弾み、おいしい料理もあり、まさに至福の時でした。

お料理は伝統の琉球宮廷料理をベースに、山本さんなりのアレンジを加えた創作料理。豆腐よう（絶品）から始まり、ミヌダル、イラブチャーのお刺身、ゆし豆腐、どぅるわかしー、そーみんの島らっきょのせ、ラフテー、とぅんふぁん、などが続き、デザートはタピオカの黒糖かけ、海藻ジャムの入った自家製ヨーグルト。アルコールは、オリオンビールで乾杯した後は、おいしい泡盛を頂きました。春雨30度という泡盛なのですが、なかなか数が少なく手に入りにくいということでしたが、次の日、国際通りでたまたま見つけ手に入れることができました（幻のお酒と言うことでプレミアムがついていました）。

師匠ご夫妻が先にお帰りになった後は、ゆっくりと山本さんとお話しをすることが出来とても楽しかったです。私のような一見の客をこんなに大切して下さるというのはなかなかできるものではありません。私が沖縄にはまっている理由はこうした沖縄の人々が好きだからと言うのが大きいです。最後に、使われているやちむんに興味を持ったら、なんと分けて下さいました。山田和男さんという方の作の急須と湯飲みのセットです。

「琉球料理乃山本彩香」は、週４回に絞って営業されているそうです。息長く続けて欲しいものです。沖縄県那覇市久米1-16-13、098-868-3456、日火水休

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「カナダ・エクスプレス」はトロント大学の伊倉先生のブログです。伊倉先生のようにESTABLISHされた研究者のBLOGは少なく、他には柳田先生のブログ「柳田充弘先生の休憩時間 」くらいでしょうか。

蛋白質核酸酵素に掲載されたエッセイを５回にわたって公開されるそうです。日本にいる人は、図書館に行って読めばいいのですが、海外にいる人にとってはこういうエッセイを海外にいながらにして読めるというのはとてもうれしいことだと思います。

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アメリカに留学するときに、カメラを新調して持っていこうと思いました。

恥ずかしい話ですが、当時の私には「アメリカ＝怖い」「カメラ持っている日本人＝狙われる」という考えがあり、一眼レフのような目立つカメラではなく、さっとポケットから出し、すぐにしまえるコンパクトカメラの方がいいのではないかと思いました（これ、本当の話です）。いろいろ検討した末、最終的に、RICOHのGR1というカメラを購入しました。

RICOHのGR1というカメラは、その当時でもちょっと個性的なカメラでした。いわゆる「高級コンパクトカメラ」というジャンルに属し、ポケットに入る薄型でありながら優れた画質を持ち、なおかつ質感の高いカメラでした。特に、ズームレンズ全盛の時代に、単焦点、28mmという広角レンズであることが特徴でした。初代GR1(1996年)のコンセプトは,その後、GR1s(1998年)、GR21(2000年)、GR1v(2001年)へと受け継がれてきました。

そのGRシリーズにデジタルカメラとしてはじめて登場したのが、GR DIGITALです。 GRシリーズの流れをくんで、 35mm換算で28mmの単焦点広角レンズです。発売時から気にはなっていたものの、ひとつ引っかかっていたのが、ファインダーがないので液晶を見ながら撮影しなければならないという点です。オプションで外付けの光学ファインダー（GV1）があるので、それを付ければ、ファインダーを覗きながら撮影することもできますが、携帯性が犠牲になってしまいます

そんな私の背中を押したのが、Shiologyというサイトに掲載されている写真。カリフォルニアというフォトジェニックな環境というアドバンテージがあるにしても美しすぎる写真達です。

GR DIGITALを購入しても、私のメインカメラはD200であり続けます。GR DIGITALは、いつでも持ち歩けるお散歩カメラという位置づけにしたいのですが、28mmという単焦点の広角レンズは私には未知の世界。なんとかいい写真が撮りたいと思っています。

GR DIGITALのレビューはたくさんありますが、以下のレビューがよくできています。

【レビュー】リコーGR DIGITALと高級コンパクトカメラ旧GRを比較する (1) そもそもGRって? (MYCOMジャーナル)

RICOH デジタルカメラ GR DIGITAL【amazon.co.jp】

 

GV1 外部ファインダー【amazon.co.jp】

 

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昨日のエントリーの続きです。

内蔵ハードディスクを交換した後は、OSやアプリケーションなどそれまで使っていた環境を新しいハードディスクに移行しなければなりません。

OS9の場合は、システムやデータが収められたボリュームを丸ごとコピーするだけで移行が完成するのですが、Mac OS Xの場合は、ファインダ上でコピーするだけではダメです。というのもOS Xでは、ファインダ上で見えているファイル以外に、たくさんの不可視ファイルがあり、こうしたファイルを含めて丸ごとバックアップしないと、起動ディスクとして認識されないからです。

そうしたコピーに最適なのが、「ディスクユーティリティ」の「復元」という機能です。これは「復元」に割り当てたボリュームを「ソース」に割り当てたボリュームで上書きして完全に同じものにする機能です。サードパーティ製の「Carbon Copy Cloner 」や「Silverkeeper」にも同様な機能があり、これらの場合は、起動中のボリュームからでも操作できるという利点があるようですが、機能的にはOS X標準のソフトの方が安心感があるので、今回は「ディスクユーティリティー」の「復元」機能を使うことにしました。

「ディスクユーティリティー」の「復元」機能は起動中のボリュームからは操作できないので、まず、DVDインストールディスクからMacを立ち上げ、「ディスクユーティリティ」の「復元」タブを選びます。そして、復元元のボリュームを「ソース」に指定、新しいハードディスクドライブのボリュームを「復元先」に指定して、復元作業を行います。この作業はかなり時間がかかることを覚悟しておきましょう。私の場合、80Gのデータの移動で4時間強かかりました。ちなみに、古いHDはFirewire接続のHDケースに入れてFirewire 400で接続しました。

理論的には、新しいHDに古いHDとまったく同じ環境がコピーされたはずですが、なぜかファイル数が旧HD 89400、新HD 89200とわずかに減っていました。復元作業が終了した後、内蔵ハードディスクから起動して、無事、環境が丸ごと移行されたことが確認できました。ハードディスクの容量も149.05Gとなっており、きちんとフルで認識されていることを確認しました。

なお、今回のように移行ではなく、バックアップとして取っておくなら、DVDインストールディスクからMacを立ち上げ、「ディスクユーティリティ」の「ファイル」メニューの「新規」を選択肢、「○○からのディスクイメージ」を選び、ディスクイメージとしてバックアップファイルを作ってもおくのがおすすめです。この際、フォーマットは「読み込み専用」暗号化「なし」でイメージファイルを作成します。このイメージファイルから「ディスクユーティリティー」の復元機能で復元することができます。

また、環境の移行の方法として、新しいHDにOSだけをインストールし、古いHDをFirewire接続し、OS X標準の「環境移行ツール」でデータを移行するという方法もあります。しかし、この方法では完全にデータが移行できるわけではなく、いろいろ問題があることが知られています。

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